O controle da eficiência dos processos de tratamento (garantia da qualidade do efluente final) é definido pela legislação ambiental, cuja fiscalização e licenciamento são feitos pelo órgão ambiental do Estado. Despejos industriais e domésticos, quando lançados em córregos ou rios,
comprometem seriamente a qualidade dos mananciais de água, alterando o equilíbrio ecológico, com proliferação de vetores e consequentemente as doenças de veiculação hídrica.

A Companhia Águas de Joinville, através de suas Estações de Tratamento de Esgotos (ETEs), procura mediante aos processos de tratamento empregados remover os compostos indesejáveis a níveis menores ou iguais aos padrões exigidos pela legislação vigente, buscando impactar o mínimo possível os corpos d’água receptores.